国家海洋环境监测中心是我国海洋环境监测业务体系中最高一级的业务机构，负责全国海洋环境监测业务的组织、管理和技术支持；对海区环境监测中心和省（自治区、直辖市）海洋环境监测总站进行业务指导和业务管理；编拟全国海洋环境监测规划、计划、实施方案并监督实施；编拟海洋环境监测规章制度、监测技术方法和标准；负责对海区环境监测中心和省（自治区、直辖市）海洋环境监测总站的资质技术认定、业务考核及全国海洋环境监测业务技术人员的培训；负责监测全过程的质量控制和质量保证；审核、处理、储存全国海洋环境监测数据、资料、信息，管理全国海洋环境监测数据库和信息系统；编制全国海洋环境质量公报和其他海洋环境监测产品等。

    为适应海洋环境监测业务快速发展的需求，国家海洋环境监测中心制定并正在努力实施“国家海洋环境监测中心业务发展规划（2004-2008）”，规划所确立的发展目标是：以满足国家海洋环境管理需求为导向，大力发展海洋生态监测技术，形成海洋生态-环境综合监测能力，促进全国海洋环境监测系统的科技进步，及时、准确全面地评价海洋环境质量。在未来五年内逐步实现监测人员岗位化、监测工作业务化、监测组织体系化、监测服务社会化，将中心建设成为国内领先的国家级专业化权威性社会公共机构，并在10年内在业务能力、设备水平和人才结构等方面达到国际先进水平。为此，中心的主要任务定位在把握动态、组织监测、评价环境、服务社会。将重点加强海洋环境保护规划与管理政策、海洋生态监测技术、海洋环境质量评价体系、海洋环境监测信息产品、海洋环境监测体系组织与业务管理等领域的能力建设，包括：

    海洋生物-生态效应检测实验室建设；

    海洋化学污染物分析检测实验室建设；

    海洋生态毒理学检验与污染损害仲裁实验室建设；

    赤潮鉴定与藻毒素（贝毒）检测实验室建设；

    海洋动力环境监测与海域污染控制技术实验室建设；

    海洋环境质量评价与信息产品开发实验室建设。