全国海洋污染现状与趋势性监测工作内容包括海水质量监测、近岸贻贝监测、底栖环境质量监测（沉积物质量监测和底栖生物监测）、海洋放射性环境质量监测、海洋大气质量监测、陆源入海排污口及其邻近海域环境质量监测、江河入海污染物总量监测等。

 2005年，海水质量监测共布设水质基本站位486个，监测内容包括水文气象和水质，监测频率与时间为在丰水期进行一次基本站位的监测。近岸贻贝监测在我国近岸海域共布设182个贻贝监测站位，监测的项目包括石油烃、总汞、镉、铅、铜、砷、DDT、PCB，监测频率与时间为在生物成熟期（8～10月）进行一次，贻贝监测采集贝类限定如下8种：菲律宾蛤仔、文蛤、四角蛤蜊、紫贻贝、翡翠贻贝、毛蚶、缢蛏、僧帽牡蛎。底栖环境质量监测共布设底栖环境（沉积物质量和底栖生物）监测站位200个，监测频率与时间为在丰水期（7月中旬—9月中旬）进行一次。海洋放射性环境质量监测监测区域为葫芦岛核电站、青岛沙子口核电站、秦山核电站、大亚湾核电站和连云港田湾等5个核电站附近海域，监测内容包括水质、沉积物和生物，监测频率与时间为在丰水期进行一次。海洋大气质量监测在老虎滩、小麦岛、嵊山、万山岛布设4个海洋大气监测站。监测的项目包括总悬浮颗粒物、铜、铅、镉、降水电导率、降水pH等，在2月、5月、8月和10月四个月内实施连续监测。江河入海污染物总量监测在我国15条主要入海河流感潮河段内布设采样站位，必测项目包括油类、COD 、氨氮、磷酸盐、铜、铅、砷、锌、镉、汞及年径流量。监测频率与时间为至少分别在枯水期、丰水期和平水期各进行一次。

为贯彻落实《国务院关于进一步加强海洋管理工作若干问题的通知》精神，切实履行海洋行政主管部门的职责，强化对陆源入海污染物及排污口邻近海域的监督与监测，国家海洋局积极组织开展了全国入海排污口监测工作。2005年全国入海排污口监测工作的主要任务和目标是通过陆源入海排污口统计调查，将全国所有的排污口列出清单，并依据入海污染物毒性、邻近海域功能区类别、排污口排污量、排污口所在沿岸人口密度等原则对其进行分类，在此基础上，确定各类排污口的监测频率及监测内容；依据统计和监测结果，实施科学评价，按照管理需求，分级分类公布监测与评价结果；并对监测信息的发布实行统一管理。陆源入海排污口及其邻近海域环境质量监测的监测频率与时间为上半年2次，分别在5月和6月上旬实施，下半年2次，分别在7月和9月上旬实施。

3.2 海洋功能区监测

全国海洋功能区监测工作内容包括海水浴场、海水增养殖区、海洋自然保护区、海洋倾倒区、海上油气开发区等海洋环境质量监测。

为维护滨海旅游区的环境安全和公众健康，及时掌握海水浴场的环境质量，评价海水浴场的健康程度，2001年，国家海洋局组织开展了全国16个主要海水浴场的环境质量监测，2002增加到27个，并于7月2日至10月8日期间，通过中央电视台等媒体发布了其中12个重点海水浴场的水质状况和24小时及未来3天的健康指数、适宜度和最佳游泳时段预报。2003年，预报的重点海水浴场增加到24个，预报时间范围扩展为自5月1日至11月30日。2004年，预报的重点海水浴场为23个。2005年，预报的重点海水浴场为22个。海水浴场监测内容包括水质和水文气象，监测频率与时间为水质在每周二、周六各测定1次，水文气象在每天的08、14点(北京时) 各测定1次。

海水增养殖区作为重要的海洋功能区，其环境质量直接影响到养殖品种的产量、质量和公众健康及养殖区功能的持续利用。为评价海水增养殖区的环境质量状况和养殖生物质量状况，2001年，国家海洋局组织开展了全国近岸海域海水增养殖区的环境质量监测，2002年在18个增养殖区继续开展环境质量监测，2003年增加到26个，定期评价其中18个海水增养殖区的环境质量。2004年海水增养殖区的监测数量增加到了50个。2005年，海水增养殖区监测内容包括养殖功能区概况（养殖面积、种类、数量和年投饵量、消毒药品年使用量等）、水质、沉积物和养殖生物质量。监测频率与时间为养殖高峰期内水质监测每月不少于一次，沉积物一年监测一次，养殖生物质量一年监测一次（8月）。

近年来，国家和沿海各级政府十分注重海洋生态保护工作，加快了海洋自然保护区的建设步伐，海洋自然保护区的建立，保护了具有较高科研、教学、自然历史价值的海岸、河口、岛屿等海洋生境，保护了一批珍稀濒危海洋生物及其栖息地，也保护了红树林、珊瑚礁、海草床、湿地等典型海洋生态系统。2000年，我国各类海洋自然保护区总数为69个，总面积为13000多km²。2001年，海洋自然保护区数量增加到71个，总面积达到23805km²。2002年，海洋自然保护区数量增加到76个。2004年，达90余个。保护区类型有海洋海岸生态系统、海洋自然遗迹和海洋生物多样性等。海洋自然保护区主要监测内容包括自然保护区总面积、核心区面积、缓冲区面积、主要保护对象、环境状况等，并分析保护区目前存在的主要环境问题。监测方法为采取现场调查和统计分析方法。

我国海洋倾倒区倾倒的废弃物主要为疏浚物，此外，还有少量的惰性无机地质废料等。2001年，我国实际使用海洋倾倒区61个，倾倒疏浚物、渣土共计8965万m³。2002年，实际使用海洋倾倒区60个，倾倒疏浚物约为10721万m³。2003年，实际使用海洋倾倒区67个，倾倒疏浚物约为12681万m³。2004年，全国共有海洋倾倒区80个，实际使用海洋倾倒区77个，倾倒疏浚物约为14661万m³。每年，国家海洋局各分局选择10个左右倾倒区进行全面监测，监测内容主要包括底栖环境和水深，监测频率与时间视倾倒区具体情况和管理要求确定。

近年来，国家海洋局组织开展了部分海上油气开发区专项监测，结果显示，油气田及周边区域的环境质量符合该类功能区环境质量控制要求。2001年，全国共有海上油气田23个，含油污水年排海量约为5094万吨。2002年，全国共有海上油气田26个，含油污水年排海量约为6769万吨，钻井泥浆的年排海量约为2.8万m³，钻屑的年排海量约为2.3万m³。2003和2004年，全国海上油气田均为32个；2004年含油污水年排海量约为6929万吨，钻井泥浆的年排海量约为6.6万m³，钻屑的年排海量约为5.4万m³。2005年，国家海洋局各分局对4个海上油田进行全面监测，监测内容主要包括水质、底栖环境和生物质量，监测频率与时间视具体情况和管理要求确定一次监测。

3.3 海洋生态监控区监测

为准确掌握近岸生态系统的健康状况、主要生态问题及其产生的原因，为各级海洋行政主管部门有效管理海洋提供科学依据，促进海洋经济持续发展，2004年国家海洋局组织沿海省、自治区、直辖市在全国近岸海域主要生态脆弱区和敏感区建立了15个生态监控区，2005年增加到18个，总面积约5万平方公里，约占全国近岸海域的16%。监控区覆盖的生态类型包括海湾、河口、滨海湿地、珊瑚礁、红树林和海草床等典型海洋生态系统。

海洋生态监控区的监控内容包括环境质量（水环境、沉积环境和生物质量）、生物群落结构、产卵场功能以及开发活动的影响等。 监控频率为春夏季各一次。

2004年监测结果表明：15个生态监控区中，海南东海岸生态监控区内的珊瑚礁、海草床生态系统，雷州半岛西南沿岸生态监控区珊瑚礁生态系统以及广西北海生态监控区内的珊瑚礁、海草床及红树林生态系统健康状况良好。近岸海域海洋生态系统脆弱，大部分海湾、河口、滨海湿地等生态系统处于亚健康或不健康状态，主要表现在水体富营养化及营养盐失衡、河口产卵场严重退化、生境丧失或改变、生物群落结构异常等。主要影响因素是陆源污染物排海、围填海侵占海洋生境、生物资源过度开发。我国近岸海洋生态系统整体处于脆弱状态，生态环境恶化的趋势尚未得到缓解。

3.4 海洋赤潮监测

近年来，我国近岸海域赤潮灾害日趋严重。为落实国务院领导同志关于加强赤潮防治工作的指示精神，国家海洋局组织沿海省、自治区、直辖市进一步加大了对海洋赤潮的监测、预测和控制力度。

2001年，利用卫星、飞机、船舶、海洋环境监测站和志愿者监视等开展了全海域赤潮监视监测。2002年，在我国沿岸重要增养殖区设立了10个赤潮监控区，实施了高密度、高频率的监测。2003年，赤潮监控区增至18个，并进一步完善了赤潮应急响应系统。2004年，每月两次发送《赤潮监控区养殖环境质量通报》，及时发布赤潮发生、发展相关的信息；监控区内赤潮的发现率达到了百分之百；赤潮灾害发生时，及时启动应急预案，加强赤潮毒素检测工作，确保了不让受赤潮毒素污染的水产品进入市场，保障了人民群众的身体健康和生命安全；同时采取必要措施，降低了赤潮对养殖业的损害程度。2005年，赤潮监控区增至19个；进一步完善了赤潮应急响应体系，定期发布赤潮监控区养殖环境质量通报，最大限度地减少赤潮灾害损失，定期监测沉积物质量和主要水产品食品安全质量，开展水产品食用安全风险评价，最大限度地提升水产品食用安全。

赤潮监控区监控内容包括水环境和赤潮生物常规监测、贝毒监测、沉积环境监测和养殖生物监测等。重点监测时段为3-11月。赤潮监控区常规监测每半月1次；赤潮多发期可根据实际情况适当增加赤潮生物监测频率；赤潮发生期（包括赤潮发生至消失的全过程），可再增加赤潮生物监测频率，甚至每天进行1次监测。

全国海域赤潮监视监测预警内容包括全海域赤潮监测、赤潮应急跟踪监测和赤潮预测预报。